Urodził się 23 stycznia 1858 r. w Chodorowie. Doktorat z prawa uzyskał na Uniwersytecie Jagiellońskim. Karierę naukową kontynuował na Uniwersytecie Lwowskim, którego profesorem został w 1887 r. Wykładał na nim aż do śmierci, zyskując opinię jednego z najważniejszym pracujących tam uczonych, o czym świadczyło m.in. grono wychowanków jego wysoko cenionego seminarium. We Lwowie był także dyrektorem Archiwum Krajowego Akt Grodzkich i Ziemskich, współtworzył i kierował pracami lwowskiego Towarzystwa Naukowego oraz działał w tamtejszym Towarzystwie Historycznym. Za zasługi dla Lwowa otrzymał tytuł honorowego obywatela miasta. Był członkiem Polskiej Akademii Umiejętności. W życiu naukowym zasłynął nie tylko jako badacz ustroju i prawa polskiego, ale także ważny polemista w sporze dotyczącym wartości dziedzictwa ustrojowego I Rzeczypospolitej, który swe apogeum osiągnął w drugiej i trzeciej dekadzie XX wieku. Otrzymał doktoraty honoris causa pięciu uniwersytetów (Lwowskiego, Karola w Pradze, Warszawskiego, Poznańskiego i Stefana Batorego w Wilnie) Jako przedstawiciel Galicji wziął udział w rozprawie rozstrzygającej spór terytorialny z Węgrami o Morskie Oko. Dzięki korzystnemu wyrokowi, pozostało ono w granicach galicyjskich, zaś Balzer zyskał uznanie w szerokich rzeszach społeczeństwa polskiego, pragnących widzieć tą część Tatr po stronie Galicji jako polskiej prowincji monarchii austro-węgierskiej. W 1921 r. został odznaczony Orderem Orła Białego. Zmarł 11 stycznia 1933 r. we Lwowie. Napisał m.in.: Genealogia Piastów (1895), Historia ustroju Austrii w zarysie (1899), Królestwo Polskie 1295-1370, t. I-III (1919-1920).